לאחר שני מאבקים משפטיים בערכאות בקרקוב, פולין, גירשה הקהילה היהודית המקומית את שליח חב"ד הרב אליעזר גור-ארי, בנו של רבה של חולון הרב אליהו גור-ארי, מתחומי בית הכנסת המפואר ביותר בקרקוב, 'אייזיק שול', והחזירה לעצמה את ניהולו העצמאי על פי הבנתה.
בתגובה החליט הרב גור-ארי להקים בית כנסת משלו, במבנה סמוך לאייזיק שול, ולפתוח בו את כל המוסדות הנילווים שהקים ב'אייזיק שול' ואשר הפכו לעילת הסיכסוך: גן ילדים, תלמוד תורה, חנות למזון כשר, מסעדה כשרה, חדרי אירוח זמניים לשתיית תה וקפה לטובת המטיילים היהודיים בקרקוב, חנות יודאייקה ומזכרות, וכדומה. הבעיה היא שבעלי המבנה שאותו הועיד הרב להקמת מרכז חב"ד בקרקוב, דורשים תמורתו סכום עתק של 9 מיליון זלוטי, כ-2.5 מיליון דולר, שאותם מנסה הרב לגייס באמצעות פרוייקט מימון המונים (הד סטארט).
בית הכנסת אייזיק שול, שהוא המפואר ביותר בקרקוב ואחד מהמפוארים בפולין, ומהווה יעד לביקורי יהודים, בדומה לבית כנסת הרמ"א השוכן ברחוב הסמוך ברובע היהודי העתיק קז'ימייז', נבנה לפני 383 שנה (1638) בידי הנדבן איזיק יעקלס, תושב קרקוב, במימון שהושג על פי האגדה בדרך נסית.
לפני 15 שנה הגיע הרב אליעזר גור-ארי לקרקוב כשליח חב"ד, והפך בהסכמת הקהילה המקומית לרב העיר. הוא קיבל מן הקהילה את הזכות, באמצעות חוזה שכירות, לנהל ענייניו מבית הכנסת אייזיק שול. אך כשביהכ"נ הוכרז כבית חב"ד והפעילות בתוכו התרחבה, גברה ההתמרמרות על פעילות נרחבת זו.
לפני שנים מספר הגיש ראש הקהילה טדיאוש יעקובוביץ, תביעה לסילוק הרב מבית הכנסת. כעבור זמן מה הוגשה תביעה לביטול החוזה. בשני המשפטים ניצחה הקהילה.
הרב אליעזר גור-ארי אמר ל'חדר מצב', כי על בית הכנסת השתלטה חבורת בריונים מקומיים, חלקם גם לא יהודים, שהפכה את בית הכנסת למקור הכנסה ולכן עיניה צרות בהצלחתו של בית חב"ד שהופעל במקום. בתשובה לשאלה באשר לאופי התפילה בבית הכנסת בהיותו בשליטת הרב גור-ארי, ולשאלה אם נאמרת בו התפילה לשלום המדינה, השיב גור-ארי: "אצלנו התפילה מתנהלת על פי נוסח החזן. מי שאומר את התפילה לשלום המדינה, אומר; ומי שאינו אומר, אינו אומר. אנחנו לא מונעים ולא כופים".
הרב גור-ארי אמר כי "הרוב המכריע של הנהלת הקהילה הם גויים גמורים", וגם זו סיבה לכך שעיניהם צרות בו ובפעילותו להגברת האווירה היהודית בבית הכנסת. כך למשל, סיפר הרב גור-ארי, ראש הקהילה יעקובוביץ נשוי לגויה, ובתו הלנה, שאינה יהודיה על פי ההלכה, היא סגנית יו"ר הקהילה היהודית והיא זו שמנהלת את המאבקים המשפטיים נגדו.
הלנה יעקובוביץ אמרה ל'חדר מצב' כי הקהילה בקרקוב, שהיא נמנית על חבריה, בהיותה יהודיה לפי תפיסתה, החליטה להרחיק את הרב גור-ארי "בשל השתלטותו המוחלטת על בית הכנסת והפיכתו לבית חב"ד. ליהדות פולין מעולם לא היה ואין קשר לחב"ד. חב"ד זה רוסיה. על אף זאת איפשרנו בתחילה לרב לפעול, אבל כשהוא השתלט בשיטת הסאלאמי על בית הכנסת, וגם לא דאג לתחזוקה נאותה מבחינת הטיפול בחשמל ובאינסטלציה, שמנו לזה סוף, ובית המשפט אישר פעמיים את חוקיות הרחקת הרב מבית הכנסת".
בתשובה לשאלה על כוונתו של הרב להקים את בית חב"ד סמוך לבית הכנסת אייזיק, אמרה: "אין לנו בעיה עם זה. האחריות שלנו היא על בית הכנסת ההיסטורי העתיק, שרק הלך ונהרס כשהיה בשליטת הרב גור-ארי".