ואולם הבחירה ברב מיכה הלוי אינה סופית, משום שהמחנה היריב טוען שאין להכשיר פתק הצבעה שהושם בטעות במעטפה אחרת, ולכן הבחירות הסתיימו בתיקו. המערערים על בחירת הרב הלוי מאיימים לעתור לבג"ץ. ועדת הבחירות החליטה לשוב ולדון בנושא.
בהצבעה השתתפו 138 חברים מקרב 140 חברי הגוף הבוחר.
בחירת הרב הראשי האשכנזי היתה מלווה דרמה סוחפת. בשלב ראשון של הספירה התברר כי הרב הלוי, רבה של פ"ת, והרב קלמן בר, רבה של נתניה, זכו כל אחד ב-40 קולות. במצב הדראמה שנוצרה הוחלט לקיים התמודדת נוספת בין הרבנים הלוי ובר בעוד ימים אחדים.
ואולם אז צצה דרמה נוספת: בבדיקת המעטפות בקלפי לרב הספרדי נמצאה מעטפה ובה שני פתקי הצבעה, האחת עם שמו של הרב יוסף והשניה נשאה את שמו של הרב הלוי. ההנחה היתה שאותו מצביע אלמוני התכוון לבחור ברב הלוי בקלפי האשכנזית אך הטמין מתוך קלות דעת או פיזור נפש את הפתק עם שמו של הרב הלוי במעטפה שבה כבר הניח פתק לבחירת הרב דוד יוסף.
הוועדה החליטה תחילה להכשיר את הפתק ה-41 על שם הרב הלוי, אף שהונח בקלפי לבחירת הרב הספרדי, וזאת בהסתמך על 'תקדים מגדל'. בפני הוועדה הובאה חוות דעת שמציינת כי בבחירות ליישוב מגדל, ביהמ״ש אישר פתק שהוכנס בטעות לקלפי הלא נכונה, בטענה שמה שקובע הוא רצון המצביע ולא ההיבט הטכני. עוד נמצא כי מאחר ונרשמה הגעת 138 מצביעים, בעוד שלרב האשכנזי נמנו בסך הכל רק 137 פתקים, הרי ברור שפתק אחד הוחמץ בשל תקלה טכנית.
על אף זאת נשמעו קולות שהתנגדו לצירוף הפתק לרשימת תומכי הלוי וטענו כי יפנו לביהמ"ש בדרישה לפסול את בטענת 'הצדק צריך להיראות', ולקיים סיבוב שני לכהונה הרמה בעוד ימים אחדים.
מן ההצבעה בגוף הבוחר, שחציו רבנים וחציו אישי ציבור (ח"כים, ראשי ערים, ראשי מועצות דתיות וכדומה), נעדרו שניים - האחד שיצא לתפילות ראש השנה באומן ואחת שנעדרה בשל מחלה.
בבחירות לבחירת הרב הראשי הספרדי והראשון לציון, נבחר הרב דוד יוסף, בנו של הרב עובדיה זצ"ל ואחיו של הרב היוצא יצחק יוסף, שזכה בהישג מרשים, 72 קולות. למקום השני הגיע הרב שמואל אליהו עם 43 קולות, ולמקום השלישי הדיין הרב מיכאל עמוס עם 21 קולות.
שאר המתמודדים בזירת הרב האשכנזי: הרב קלמן בר 40 קול, הרב מאיר כהנא זכה ב-30 קול, הרב משה חיים לאו גייס 21 קול והרב הדיין אליעזר איגרא 6 קולות.
מעטים מחברי הגוף הבוחר הגיעו לאחר תלאות לא קלות. חלק מהם הגיעו בליווי רפואי צמוד. כך למשל הרב שלמה זלמן גרוסמן רבה של אלעד, היושב שבעה על פטירת אחותו, אך הוא קם מו האבל בהוראת אחד מרבני דגל התורה שהורה לו לקום ולהצביע.